西南大学致公党员王翊教授课题组在生物领域国际顶级期刊发表最新研究成果
发布时间:2019-12-13 11:39
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近日,致公党员、西南大学王翊教授课题组在生物领域国际顶级期刊《Nucleic Acids Research》(《核酸研究》IF: 11.561)在线发表了题为“SilkDB 3.0: visualizing and exploring multiple levels of data for silkworm”(家蚕基因组数据库3.0:可视化整合分析家蚕的多组学数据)的原创性研究论文,公布了家蚕基因组数据更新版SilkDB3.0,并同时发布了一个家蚕的多组学数据分析并生成可视化结果的在线平台SilkDB 3.0。这是家蚕功能基因组大数据分析团队在开发OrthoVenn2后,半年内发表的第二篇高水平生物信息学文章。
SilkDB3.0版本的发布,标志着学校家蚕基因组学研究全面进入多组学时代,对未来的家蚕研究具有重要的基础性支撑意义。自数据库上线以来,受到国际国内同行的广泛关注。新版本中,基因组的组装质量得到显著提高,包含重新注释的编码基因以及大量转录组数据,可用于探索家蚕基因在不同组织中的表达。该数据平台还包含了来自不同地理位置的163个家蚕和野蚕样品的泛基因组数据,从而能更全面地描述家蚕的遗传变异(单核苷酸多态性和插入缺失)。同时,平台还提供了家蚕六种不同组织的Hi-C数据,以帮助理解基因调控机制。
西南大学为该论文成果的唯一完成单位,王翊教授为论文的通讯作者。